CTCF

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1X6H, 2CT1

Ідентифікатори

Символи

CTCF, MRD21, CCCTC-binding factor, FAP108, CFAP108

Зовнішні ІД

OMIM: 604167 MGI: 109447 HomoloGene: 4786 GeneCards: CTCF

Пов'язані генетичні захворювання

autosomal dominant non-syndromic intellectual disability 21, syndromic intellectual disability^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • zinc ion binding • зв'язування з іоном металу • chromatin insulator sequence binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding
Клітинна компонента	• нуклеоплазма • хромосома • ядерце • центромера • condensed chromosome • клітинне ядро
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • Епігенетичне успадкування • regulation of centromeric sister chromatid cohesion • chromosome segregation • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • protein localization to chromosome, centromeric region • negative regulation of cell population proliferation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:1901313 positive regulation of gene expression • Метилювання ДНК • regulation of gene expression by genetic imprinting • maintenance of DNA methylation • negative regulation of gene expression • regulation of histone methylation • regulation of histone acetylation • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


10664


13018

Ensembl


ENSG00000102974


ENSMUSG00000005698

UniProt


P49711


Q61164

RefSeq (мРНК)


NM_001191022 NM_006565 NM_001363916


NM_181322 NM_001358924

RefSeq (білок)


NP_001177951 NP_006556 NP_001350845

NP_851839 NP_001345853 NP_001390652 NP_001390653 NP_001390654
NP_001390655 NP_001390656 NP_001390657 NP_001390658 NP_001390659 NP_001390660 NP_001390661

Локус (UCSC)

Хр. 16: 67.56 – 67.64 Mb

Хр. 8: 105.64 – 105.68 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

CTCF (англ. CCCTC-binding factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 727 амінокислот, а молекулярна маса — 82 785^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEGDAVEAIV	EESETFIKGK	ERKTYQRRRE	GGQEEDACHL	PQNQTDGGEV
VQDVNSSVQM	VMMEQLDPTL	LQMKTEVMEG	TVAPEAEAAV	DDTQIITLQV
VNMEEQPINI	GELQLVQVPV	PVTVPVATTS	VEELQGAYEN	EVSKEGLAES
EPMICHTLPL	PEGFQVVKVG	ANGEVETLEQ	GELPPQEDPS	WQKDPDYQPP
AKKTKKTKKS	KLRYTEEGKD	VDVSVYDFEE	EQQEGLLSEV	NAEKVVGNMK
PPKPTKIKKK	GVKKTFQCEL	CSYTCPRRSN	LDRHMKSHTD	ERPHKCHLCG
RAFRTVTLLR	NHLNTHTGTR	PHKCPDCDMA	FVTSGELVRH	RRYKHTHEKP
FKCSMCDYAS	VEVSKLKRHI	RSHTGERPFQ	CSLCSYASRD	TYKLKRHMRT
HSGEKPYECY	ICHARFTQSG	TMKMHILQKH	TENVAKFHCP	HCDTVIARKS
DLGVHLRKQH	SYIEQGKKCR	YCDAVFHERY	ALIQHQKSHK	NEKRFKCDQC
DYACRQERHM	IMHKRTHTGE	KPYACSHCDK	TFRQKQLLDM	HFKRYHDPNF
VPAAFVCSKC	GKTFTRRNTM	ARHADNCAGP	DGVEGENGGE	TKKSKRGRKR
KMRSKKEDSS	DSENAEPDLD	DNEDEEEPAV	EIEPEPEPQP	VTPAPPPAKK
RRGRPPGRTN	QPKQNQPTAI	IQVEDQNTGA	IENIIVEVKK	EPDAEPAEGE
EEEAQPAATD	APNGDLTPEM	ILSMMDR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, розходження хромосом, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі, хромосомах, центромерах.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Vostrov A.A., Quitschke W.W. (1997). The zinc finger protein CTCF binds to the APBbeta domain of the amyloid beta-protein precursor promoter. Evidence for a role in transcriptional activation. J. Biol. Chem. 272: 33353—33359. PMID 9407128 DOI:10.1074/jbc.272.52.33353
Klenova E.M., Morse H.C. III, Ohlsson R., Lobanenkov V.V. (2002). The novel BORIS + CTCF gene family is uniquely involved in the epigenetics of normal biology and cancer. Semin. Cancer Biol. 12: 399—414. PMID 12191639 DOI:10.1016/S1044-579X(02)00060-3
Chao W., Huynh K.D., Spencer R.J., Davidow L.S., Lee J.T. (2002). CTCF, a candidate trans-acting factor for X-inactivation choice. Science. 295: 345—347. PMID 11743158 DOI:10.1126/science.1065982
Ishihara K., Oshimura M., Nakao M. (2006). CTCF-dependent chromatin insulator is linked to epigenetic remodeling. Mol. Cell. 23: 733—742. PMID 16949368 DOI:10.1016/j.molcel.2006.08.008
Majumder P., Gomez J.A., Chadwick B.P., Boss J.M. (2008). The insulator factor CTCF controls MHC class II gene expression and is required for the formation of long-distance chromatin interactions. J. Exp. Med. 205: 785—798. PMID 18347100 DOI:10.1084/jem.20071843

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з CTCF переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:13723 (англ.) . Архів оригіналу за 12 жовтня 2018. Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, P49711 (англ.) . Архів оригіналу за 2 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 16

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма