CDX1

CDX1
Ідентифікатори
Символи CDX1, caudal type homeobox 1, Homeobox protein CDX-1
Зовнішні ІД OMIM: 600746 MGI: 88360 HomoloGene: 1366 GeneCards: CDX1
Онтологія гена
Молекулярна функція

GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
DNA binding
sequence-specific DNA binding
GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
GO:0001948, GO:0016582 protein binding
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
methyl-CpG binding
RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding

Клітинна компонента

клітинне ядро

Біологічний процес

animal organ morphogenesis
multicellular organism development
pattern specification process
bone morphogenesis
диференціація клітин
anterior/posterior axis specification
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
regulation of somitogenesis
GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
anterior/posterior pattern specification
transcription by RNA polymerase II
transcription, DNA-templated
GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II

Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
1044
12590
Ensembl
ENSG00000113722
ENSMUSG00000024619
UniProt
P47902
P18111
RefSeq (мРНК)
NM_001804
NM_009880
RefSeq (білок)
NP_001795
NP_034010
Локус (UCSC) Хр. 5: 150.17 – 150.18 Mb Хр. 18: 61.15 – 61.17 Mb
PubMed search [1] [2]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

CDX1 (англ. Caudal type homeobox 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 265 амінокислот, а молекулярна маса — 28 138[4].

Послідовність амінокислот
1020304050
MYVGYVLDKDSPVYPGPARPASLGLGPQAYGPPAPPPAPPQYPDFSSYSH
VEPAPAPPTAWGAPFPAPKDDWAAAYGPGPAAPAASPASLAFGPPPDFSP
VPAPPGPGPGLLAQPLGGPGTPSSPGAQRPTPYEWMRRSVAAGGGGGSGK
TRTKDKYRVVYTDHQRLELEKEFHYSRYITIRRKSELAANLGLTERQVKI
WFQNRRAKERKVNKKKQQQQQPPQPPMAHDITATPAGPSLGGLCPSNTSL
LATSSPMPVKEEFLP

Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, білків розвитку. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

  • Bonner C.A., Lofus S.K., Wasmuth J.J. (1995). Isolation, characterization, and precise physical localization of human CDX1, a caudal-type homeobox gene. Genomics. 28: 206—211. PMID 8530027 DOI:10.1006/geno.1995.1132
  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Serra R.W., Fang M., Park S.M., Hutchinson L., Green M.R. (2014). A KRAS-directed transcriptional silencing pathway that mediates the CpG island methylator phenotype. Elife. 3: E02313—E02313. PMID 24623306 DOI:10.7554/eLife.02313

Примітки

  1. Human PubMed Reference:.
  2. Mouse PubMed Reference:.
  3. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:1805 (англ.) . Процитовано 31 серпня 2017.
  4. UniProt, P47902 (англ.) . Архів оригіналу за 17 квітня 2018. Процитовано 31 серпня 2017.

Див. також

  • Хромосома 5
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»

 
Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори
 
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль
/ Лейцинова застібка
(bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
 
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4)
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
  • WRKY
 
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
 
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
 
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
  • AP2
  • EREBP
  • B3
(0.6) Інші