PTBP1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1QM9, 1SJQ, 1SJR, 2AD9, 2ADB, 2ADC, 2EVZ, 3ZZY, 3ZZZ

Ідентифікатори

Символи

PTBP1, HNRNP-I, HNRNPI, HNRPI, PTB, PTB-1, PTB-T, PTB2, PTB3, PTB4, pPTB, polypyrimidine tract binding protein 1

Зовнішні ІД

OMIM: 600693 MGI: 97791 HomoloGene: 49188 GeneCards: PTBP1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• pre-mRNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • poly-pyrimidine tract binding • nucleic acid binding • RNA binding
Клітинна компонента	• ядерце • екзосома • мембрана • клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес	• mRNA splicing, via spliceosome • mRNA processing • negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome • regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome • negative regulation of RNA splicing • Сплайсинг РНК • negative regulation of muscle cell differentiation • fibroblast growth factor receptor signaling pathway • IRES-dependent viral translational initiation • RNA metabolic process • positive regulation of protein dephosphorylation • positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


5725


19205

Ensembl


ENSG00000011304


ENSMUSG00000006498

UniProt


P26599


P17225

RefSeq (мРНК)


NM_002819 NM_031990 NM_031991 NM_175847


NM_001077363 NM_001283013 NM_008956

RefSeq (білок)


NP_002810 NP_114367 NP_114368


н/д

Локус (UCSC)

Хр. 19: 0.8 – 0.81 Mb

Хр. 10: 79.69 – 79.7 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

PTBP1 (англ. Polypyrimidine tract binding protein 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 531 амінокислот, а молекулярна маса — 57 221^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MDGIVPDIAV	GTKRGSDELF	STCVTNGPFI	MSSNSASAAN	GNDSKKFKGD
SRSAGVPSRV	IHIRKLPIDV	TEGEVISLGL	PFGKVTNLLM	LKGKNQAFIE
MNTEEAANTM	VNYYTSVTPV	LRGQPIYIQF	SNHKELKTDS	SPNQARAQAA
LQAVNSVQSG	NLALAASAAA	VDAGMAMAGQ	SPVLRIIVEN	LFYPVTLDVL
HQIFSKFGTV	LKIITFTKNN	QFQALLQYAD	PVSAQHAKLS	LDGQNIYNAC
CTLRIDFSKL	TSLNVKYNND	KSRDYTRPDL	PSGDSQPSLD	QTMAAAFGLS
VPNVHGALAP	LAIPSAAAAA	AAAGRIAIPG	LAGAGNSVLL	VSNLNPERVT
PQSLFILFGV	YGDVQRVKIL	FNKKENALVQ	MADGNQAQLA	MSHLNGHKLH
GKPIRITLSK	HQNVQLPREG	QEDQGLTKDY	GNSPLHRFKK	PGSKNFQNIF
PPSATLHLSN	IPPSVSEEDL	KVLFSSNGGV	VKGFKFFQKD	RKMALIQMGS
VEEAVQALID	LHNHDLGENH	HLRVSFSKST	I

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Gil A., Sharp P.A., Jamison S.F., Garcia-Blanco M.A. (1991). Characterization of cDNAs encoding the polypyrimidine tract-binding protein. Genes Dev. 5: 1224—1236. PMID 1906035 DOI:10.1101/gad.5.7.1224
Patton J.G., Mayer S.A., Tempst P., Nadal-Ginard B. (1991). Characterization and molecular cloning of polypyrimidine tract-binding protein: a component of a complex necessary for pre-mRNA splicing. Genes Dev. 5: 1237—1251. PMID 1906036 DOI:10.1101/gad.5.7.1237
Ghetti A., Pinol-Roma S., Michael W., Morandi C., Dreyfuss G. (1992). hnRNP I, the polypyrimidine tract-binding protein: distinct nuclear localization and association with hnRNAs. Nucleic Acids Res. 20: 3671—3678. PMID 1641332 DOI:10.1093/nar/20.14.3671
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Lin J.C., Tarn W.Y. (2005). Exon selection in alpha-tropomyosin mRNA is regulated by the antagonistic action of RBM4 and PTB. Mol. Cell. Biol. 25: 10111—10121. PMID 16260624 DOI:10.1128/MCB.25.22.10111-10121.2005
Lin J.C., Tarn W.Y. (2011). RBM4 down-regulates PTB and antagonizes its activity in muscle cell-specific alternative splicing. J. Cell Biol. 193: 509—520. PMID 21518792 DOI:10.1083/jcb.201007131

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9583 (англ.) . Процитовано 6 лютого 2017.
↑ UniProt, P26599 (англ.) . Архів оригіналу за 7 лютого 2017. Процитовано 6 лютого 2017.