LITAF

Ідентифікатори

Символи

LITAF, PIG7, SIMPLE, TP53I7, lipopolysaccharide induced TNF factor

Зовнішні ІД

OMIM: 603795 MGI: 1929512 HomoloGene: 37974 GeneCards: LITAF

Пов'язані генетичні захворювання

Charcot-Marie-Tooth disease type 1C^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• signal transducer activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • WW domain binding • zinc ion binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • DNA binding • зв'язування з іоном металу
Клітинна компонента	• мембрана • нуклеоплазма • lysosomal membrane • лізосома • гіалоплазма • cytoplasmic side of plasma membrane • cytoplasmic side of early endosome membrane • cytoplasmic side of late endosome membrane • cytoplasmic side of lysosomal membrane • Golgi membrane • клітинне ядро • цитоплазма • ендосома • комплекс Ґольджі • клітинна мембрана • endosome membrane • early endosome membrane • late endosome membrane • внутрішньоклітинна мембранна органела • integral component of membrane
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0010260 старіння людини • transcription, DNA-templated • GO:0032657 regulation of cytokine production • response to lipopolysaccharide • positive regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling • cellular response to lipopolysaccharide • GO:0072468 сигнальна трансдукція • transcription by RNA polymerase II • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


9516


56722

Ensembl


ENSG00000189067


ENSMUSG00000022500

UniProt


Q99732


Q9JLJ0

RefSeq (мРНК)


NM_001136472 NM_001136473 NM_004862


NM_019980

RefSeq (білок)


NP_001129944 NP_001129945 NP_004853


NP_064364

Локус (UCSC)

Хр. 16: 11.55 – 11.64 Mb

Хр. 16: 10.78 – 10.88 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

LITAF (англ. Lipopolysaccharide induced TNF factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 161 амінокислот, а молекулярна маса — 17 107^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSVPGPYQAA	TGPSSAPSAP	PSYEETVAVN	SYYPTPPAPM	PGPTTGLVTG
PDGKGMNPPS	YYTQPAPIPN	NNPITVQTVY	VQHPITFLDR	PIQMCCPSCN
KMIVSQLSYN	AGALTWLSCG	SLCLLGCIAG	CCFIPFCVDA	LQDVDHYCPN
CRALLGTYKR	L

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у клітинній мембрані, цитоплазмі, ядрі, мембрані, лізосомі, апараті гольджі, ендосомах.

Література

Polyak K., Xia Y., Zweier J.L., Kinzler K.W., Vogelstein B. (1997). A model for p53-induced apoptosis. Nature. 389: 300—306. PMID 9305847 DOI:10.1038/38525
Myokai F., Takashiba S., Lebo R., Amar S. (1999). A novel lipopolysaccharide-induced transcription factor regulating tumor necrosis factor alpha gene expression: molecular cloning, sequencing, characterization, and chromosomal assignment. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96: 4518—4523. PMID 10200294 DOI:10.1073/pnas.96.8.4518
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Shirk A.J., Anderson S.K., Hashemi S.H., Chance P.F., Bennett C.L. (2005). SIMPLE interacts with NEDD4 and TSG101: evidence for a role in lysosomal sorting and implications for Charcot-Marie-Tooth disease. J. Neurosci. Res. 82: 43—50. PMID 16118794 DOI:10.1002/jnr.20628
Tang X., Marciano D.L., Leeman S.E., Amar S. (2005). LPS induces the interaction of a transcription factor, LPS-induced TNF-alpha factor, and STAT6(B) with effects on multiple cytokines. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102: 5132—5137. PMID 15793005 DOI:10.1073/pnas.0501159102
Tang X., Metzger D., Leeman S., Amar S. (2006). LPS-induced TNF-alpha factor (LITAF)-deficient mice express reduced LPS-induced cytokine: Evidence for LITAF-dependent LPS signaling pathways. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103: 13777—13782. PMID 16954198 DOI:10.1073/pnas.0605988103

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з LITAF переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:16841 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, Q99732 (англ.) . Архів оригіналу за 9 жовтня 2016. Процитовано 11 вересня 2017.