CHD7
| Хромодомен хеликазы ДНК-связывающего белка 7 | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 PDB rendering based on 2ckc. | |||||||||||
| Доступные структуры | |||||||||||
| PDB | Поиск ортологов: PDBe, RCSB | ||||||||||
Список идентификаторов PDB 2CKC, 2V0E, 2V0F | |||||||||||
| Идентификаторы | |||||||||||
| Символ | CHD7 ; CRG; HH5; IS3; KAL5 | ||||||||||
| Внешние ID | OMIM: 608892 MGI: 2444748 HomoloGene: 19067 GeneCards: Ген CHD7 | ||||||||||
| номер EC | 3.6.4.12 | ||||||||||
| |||||||||||
| Ортологи | |||||||||||
| Вид | Человек | Мышь | |||||||||
| Entrez | 55636 | 320790 | |||||||||
| Ensembl | ENSG00000171316 | ENSMUSG00000041235 | |||||||||
| UniProt | Q9P2D1 | A2AJK6 | |||||||||
| RefSeq (мРНК) | NM_017780 | NM_001033395 | |||||||||
| RefSeq (белок) | NP_060250 | NP_001264078 | |||||||||
| Локус (UCSC) | Chr 8: 61.59 – 61.78 Mb | Chr 4: 8.69 – 8.87 Mb | |||||||||
| Поиск в PubMed | Искать | Искать | |||||||||
CHD7 (от англ. Chromodomain-Helicase-DNA-binding protein 7) известный также как АТФ-зависимая хеликаза CHD7 — фермент, который у человека кодируется геном CHD7[1][2].
CHD7 является АТФ-зависимым ремодельером хроматина, гомолог белков дрозофилы, относимых к белкам группы Trithorax Kismet[3]. Мутации в CHD7 связаны с синдромом CHARGE[англ.][4].
Модельные организмы
| Характеристики | Фенотип |
|---|---|
| Жизнеспособность гомозитов | Ненормальный |
| Recessive lethal study | ненормальный |
| Плодовитость | Норма |
| Вес тела | Норма |
| Тревога | Норма |
| Неврологическое обследование | Ненормальный[5] |
| Сила хватания | Норма |
| Горячая тарелка | Норма |
| Тератология | Норма |
| Indirect calorimetry | Норма |
| Глюкозотолерантный тест | Норма |
| Слух | Норма |
| DEXA | Норма |
| Рентгенография | Норма[6] |
| Температура тела | Норма |
| Морфология глаза | Ненормальный[7] |
| Клиническая химия | Норма |
| Гематология | Норма |
| Лимфоциты периферийной крови | Норма |
| Тест микроядер | Норма |
| Масса сердца | Норма |
| Гистопатология мозга | Ненормальный |
| Гистопатология глаз | Норма |
| Сальмонелла | Норма[8] |
| Инфицирование Citrobacter | Норма[9] |
| Все тесты и анализы из [10][11] |
Модельные организмы были использованы при исследовании функций CHD7. Условная линия нокаутных мышей под названием Chd7tm2a(EUCOMM)Wtsi[12][13] была создана в рамках международной программы консорциума Нокаутная мышь — проект интенсивного мутагенеза для создания и распространения животных моделей различных заболеваний, с целью заинтересовать учёных[14][15][16].
Мужские и женские особи прошли стандартное фенотипическое обследование, чтобы определить фенотип мутации[10][17]. Было проведено двадцать четыре испытания, проведенные на мутантных мышах и в пяти случаях были замечены значительные нарушения[10]. Гомозиготных мутантов не выявлено в эмбрионах во время беременности, то есть в гомозиготном состоянии мутация оказалась летальной. Остальные тесты были проведены на гетерозиготных взрослых мышах. Мужские гетерозиготы характеризуются ненормальной высотой таза в модифицированном тесте SHIRPA и имеют высокий сосочек Бергмейстера в обоих глазах. Когда был изучен мозг гетерозиготных животных, обнаружилось отсутствие мозолистого тела[10].
Примечания
- ↑ Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K.I., Hirosawa M., Ohara O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVI. The complete sequences of 150 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro (англ.) // DNA Research[англ.] : journal. — 2000. — February (vol. 7, no. 1). — P. 65—73. — doi:10.1093/dnares/7.1.65. — PMID 10718198.
- ↑ Entrez Gene: chromodomain helicase DNA binding protein 7 (неопр.). Архивировано 6 марта 2010 года.
- ↑ Bajpai R., Chen D.A., Rada-Iglesias A., Zhang J., Xiong Y., Helms J., Chang C.P., Zhao Y., Swigut T., Wysocka J. CHD7 cooperates with PBAF to control multipotent neural crest formation (англ.) // Nature : journal. — 2010. — February (vol. 463, no. 7283). — P. 958—962. — doi:10.1038/nature08733. — PMID 20130577. — PMC 2890258.
- ↑ Vissers L.E., van Ravenswaaij C.M., Admiraal R., Hurst J.A., de Vries B.B., Janssen I.M., van der Vliet W.A., Huys E.H., de Jong P.J., Hamel B.C., Schoenmakers E.F., Brunner H.G., Veltman J.A., van Kessel A.G. Mutations in a new member of the chromodomain gene family cause CHARGE syndrome (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2004. — September (vol. 36, no. 9). — P. 955—957. — doi:10.1038/ng1407. — PMID 15300250.
- ↑ Neurological assessment data for Chd7 (неопр.). Wellcome Trust Sanger Institute.
- ↑ Radiography data for Chd7 (неопр.). Wellcome Trust Sanger Institute. Дата обращения: 2 апреля 2015. Архивировано 17 октября 2012 года.
- ↑ Eye morphology data for Chd7 (неопр.). Wellcome Trust Sanger Institute. Дата обращения: 2 апреля 2015. Архивировано 17 октября 2012 года.
- ↑ Salmonella infection data for Chd7 (неопр.). Wellcome Trust Sanger Institute. Дата обращения: 2 апреля 2015. Архивировано 17 октября 2012 года.
- ↑ Citrobacter infection data for Chd7 (неопр.). Wellcome Trust Sanger Institute. Дата обращения: 2 апреля 2015. Архивировано 17 октября 2012 года.
- ↑ 1 2 3 4 Gerdin A.K. The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice (англ.) // Acta Ophthalmologica[англ.] : journal. — Wiley-Liss, 2010. — Vol. 88. — P. 925—927. — doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x.
- ↑ Mouse Resources Portal Архивная копия от 24 декабря 2011 на Wayback Machine, Wellcome Trust Sanger Institute.
- ↑ International Knockout Mouse Consortium (неопр.). Дата обращения: 2 апреля 2015. Архивировано из оригинала 3 апреля 2012 года.
- ↑ Mouse Genome Informatics (неопр.). Дата обращения: 2 апреля 2015. Архивировано 3 апреля 2015 года.
- ↑ Skarnes W. C., Rosen B., West A. P., Koutsourakis M., Bushell W., Iyer V., Mujica A. O., Thomas M., Harrow J., Cox T., Jackson D., Severin J., Biggs P., Fu J., Nefedov M., de Jong P. J., Stewart A. F., Bradley A. A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function. (англ.) // Nature. — 2011. — Vol. 474, no. 7351. — P. 337—342. — doi:10.1038/nature10163. — PMID 21677750. [исправить]
- ↑ Dolgin E. Mouse library set to be knockout (англ.) // Nature. — 2011. — Vol. 474, no. 7351. — P. 262—263. — doi:10.1038/474262a. — PMID 21677718.
- ↑ Collins F.S., Rossant J., Wurst W. A Mouse for All Reasons (англ.) // Cell. — Cell Press, 2007. — Vol. 128, no. 1. — P. 9—13. — doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. — PMID 17218247.
- ↑ van der Weyden L., White J.K., Adams D.J., Logan D.W. The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism. (англ.) // BioMed Central[англ.] : journal. — 2011. — Vol. 12, no. 6. — P. 224. — doi:10.1186/gb-2011-12-6-224. — PMID 21722353. — PMC 3218837.
Литература
- Delahaye A., Sznajer Y., Lyonnet S., et al. Familial CHARGE syndrome because of CHD7 mutation: clinical intra- and interfamilial variability (англ.) // Genetics[англ.] : journal. — Genetics Society of America[англ.], 2007. — Vol. 72, no. 2. — P. 112—121. — doi:10.1111/j.1399-0004.2007.00821.x. — PMID 17661815.
- Van de Laar I., Dooijes D., Hoefsloot L., et al. Limb anomalies in patients with CHARGE syndrome: an expansion of the phenotype (англ.) // American Journal of Medical Genetics[англ.] : journal. — 2007. — Vol. 143A, no. 22. — P. 2712—2715. — doi:10.1002/ajmg.a.32008. — PMID 17937444.
- Holak H.M., Kohlhase J., Holak S.A., Holak N.H. New recognized ophthalmic morphologic anomalies in CHARGE syndrome caused by the R2319C mutation in the CHD7 gene (англ.) // Ophthalmic Genet. : journal. — 2008. — Vol. 29, no. 2. — P. 79—84. — doi:10.1080/13816810801918391. — PMID 18484313.
- Sanlaville D., Verloes A. CHARGE syndrome: an update (англ.) // European Journal of Human Genetics[англ.] : journal. — 2007. — Vol. 15, no. 4. — P. 389—399. — doi:10.1038/sj.ejhg.5201778. — PMID 17299439.
- Kim H.G., Kurth I., Lan F., et al. Mutations in CHD7, Encoding a Chromatin-Remodeling Protein, Cause Idiopathic Hypogonadotropic Hypogonadism and Kallmann Syndrome (англ.) // American Journal of Human Genetics[англ.] : journal. — 2008. — Vol. 83, no. 4. — P. 511—519. — doi:10.1016/j.ajhg.2008.09.005. — PMID 18834967. — PMC 2561938.
- Dagle J.M., Lepp N.T., Cooper M.E., et al. Determination of Genetic Predisposition to Patent Ductus Arteriosus in Preterm Infants (англ.) // Pediatrics[англ.] : journal. — American Academy of Pediatrics[англ.], 2009. — Vol. 123, no. 4. — P. 1116—1123. — doi:10.1542/peds.2008-0313. — PMID 19336370. — PMC 2734952.
- Wincent J., Schulze A., Schoumans J. Detection of CHD7 deletions by MLPA in CHARGE syndrome patients with a less typical phenotype (англ.) // Eur J Med Genet : journal. — 2009. — Vol. 52, no. 4. — P. 271—272. — doi:10.1016/j.ejmg.2009.02.005. — PMID 19248844.
- Wincent J., Holmberg E., Strömland K., et al. CHD7 mutation spectrum in 28 Swedish patients diagnosed with CHARGE syndrome (англ.) // Genetics[англ.] : journal. — Genetics Society of America[англ.], 2008. — Vol. 74, no. 1. — P. 31—8. — doi:10.1111/j.1399-0004.2008.01014.x. — PMID 18445044.
- Gennery A.R., Slatter M.A., Rice J., et al. Mutations in CHD7 in patients with CHARGE syndrome cause T–B + natural killer cell + severe combined immune deficiency and may cause Omenn-like syndrome (англ.) // Clinical and Experimental Immunology[англ.] : journal. — 2008. — Vol. 153, no. 1. — P. 75—80. — doi:10.1111/j.1365-2249.2008.03681.x. — PMID 18505430. — PMC 2432100.
- Tellier A.L., Cormier-Daire V., Abadie V., et al. CHARGE syndrome: report of 47 cases and review (англ.) // American Journal of Medical Genetics[англ.] : journal. — 1998. — Vol. 76, no. 5. — P. 402—409. — doi:10.1002/(SICI)1096-8628(19980413)76:5<402::AID-AJMG7>3.0.CO;2-O. — PMID 9556299.
- Jongmans M.C., van Ravenswaaij-Arts C.M., Pitteloud N., et al. CHD7 mutations in patients initially diagnosed with Kallmann syndrome – the clinical overlap with CHARGE syndrome (англ.) // Genetics[англ.] : journal. — Genetics Society of America[англ.], 2009. — Vol. 75, no. 1. — P. 65—71. — doi:10.1111/j.1399-0004.2008.01107.x. — PMID 19021638. — PMC 2854009.
- Jongmans M.C., Hoefsloot L.H., van der Donk K.P., et al. Familial CHARGE syndrome and the CHD7 gene: a recurrent missense mutation, intrafamilial recurrence and variability (англ.) // American Journal of Medical Genetics[англ.] : journal. — 2008. — Vol. 146A, no. 1. — P. 43—50. — doi:10.1002/ajmg.a.31921. — PMID 18074359.
- Vuorela P.E., Penttinen M.T., Hietala M.H., et al. A familial CHARGE syndrome with a CHD7 nonsense mutation and new clinical features (англ.) // Clin. Dysmorphol. : journal. — 2008. — Vol. 17, no. 4. — P. 249—253. — doi:10.1097/MCD.0b013e328306a704. — PMID 18978652.
- Bergman J.E., de Wijs I., Jongmans M.C., et al. Exon copy number alterations of the CHD7 gene are not a major cause of CHARGE and CHARGE-like syndrome (англ.) // Eur J Med Genet : journal. — 2008. — Vol. 51, no. 5. — P. 417—425. — doi:10.1016/j.ejmg.2008.03.003. — PMID 18472328.
- Lee Y.W., Kim S.C., Shin Y.L., et al. Clinical and genetic analysis of the CHD7 gene in Korean patients with CHARGE syndrome (англ.) // Genetics[англ.] : journal. — Genetics Society of America[англ.], 2009. — Vol. 75, no. 3. — P. 290—293. — doi:10.1111/j.1399-0004.2008.01127.x. — PMID 19159393.
- Qi Q., Yi L., Yang C., et al. [Mutation analysis of the CHD7 gene in patients with congenital heart disease] (англ.) // Zhonghua Yi Xue Yi Chuan Xue Za Zhi : journal. — 2008. — Vol. 25, no. 6. — P. 637—641. — PMID 19065520.
- Writzl K., Cale C.M., Pierce C.M., et al. Immunological abnormalities in CHARGE syndrome (неопр.) // Eur J Med Genet. — 2007. — Т. 50, № 5. — С. 338—345. — doi:10.1016/j.ejmg.2007.05.002. — PMID 17684005.
- Nakajima D., Okazaki N., Yamakawa H., et al. Construction of expression-ready cDNA clones for KIAA genes: manual curation of 330 KIAA cDNA clones (англ.) // DNA Research[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 9, no. 3. — P. 99—106. — doi:10.1093/dnares/9.3.99. — PMID 12168954.
- Vuorela P., Ala-Mello S., Saloranta C., et al. Molecular analysis of the CHD7 gene in CHARGE syndrome: identification of 22 novel mutations and evidence for a low contribution of large CHD7 deletions (англ.) // Genetics in Medicine[англ.] : journal. — 2007. — Vol. 9, no. 10. — P. 690—694. — doi:10.1097/GIM.0b013e318156e68e. — PMID 18073582.
- Layman W.S., McEwen D.P., Beyer L.A., et al. Defects in neural stem cell proliferation and olfaction in Chd7 deficient mice indicate a mechanism for hyposmia in human CHARGE syndrome (англ.) // Human Molecular Genetics[англ.] : journal. — Oxford University Press, 2009. — Vol. 18, no. 11. — P. 1909—1923. — doi:10.1093/hmg/ddp112. — PMID 19279158. — PMC 2678924.
 Транскрипция (биология) | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Регуляция транскрипции |
| ||||||||||||
| Активация | |||||||||||||
| Инициация | Сайт начала транскрипции | ||||||||||||
| Элонгация |
| ||||||||||||
| Терминация |
| ||||||||||||
