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| ケモインフォマティクス | | オープンソース | - Avalon Cheminformatics Toolkit
- Bioclipse
- Blue Obelisk
- Chemistry Development Kit
- ECCE
- JOELib
- OELib
- Open Babel
- RDKit
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| プロプリエタリ | - Canvas
- Chemicalize
- Discovery Studio
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| 化学反応速度論 | | オープンソース | |
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| プロプリエタリ | - Autochem
- Chemical WorkBench
- CHEMKIN
- COSILAB
- DelPhi
- Khimera
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| 分子モデリングおよび可視化 | |
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| 分子ドッキング | |
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| 分子動力学 | |
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| 量子化学 | | オープンソース | - ABINIT
- ACES（英語版） (CFOUR)
- AIMAll（英語版）
- BigDFT（英語版）
- CONQUEST（英語版）
- CP2K
- DACAPO
- Dalton（英語版）
- Dirac（英語版）
- DP code（英語版）
- FreeON（英語版）
- HORTON（英語版）
- MADNESS（英語版）
- MPQC（英語版）
- NWChem（英語版）
- Octopus
- PSI
- PyQuante（英語版）
- PySCF（英語版）
- Quantum ESPRESSO (PWscf)
- RMG
- SAMSON
- SIESTA（英語版）
- VB2000
- YAMBO code（英語版）
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| Proprietary | |
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| 構造式エディタ | | オープンソース | - BKChem
- JChemPaint
- JME Molecule Editor
- Molsketch
- XDrawChem
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| プロプリエタリ | |
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| その他 | - Aqion
- Eulim
- EXC code
- GenX
- GSim
- ICM (ICM-Browser)
- Materials Studio
- Molden
- OpenChrom
- RubyChem
- SASHIMI
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