Grafo di de Bruijn

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Grafo di de Bruijn (2, 3)

Un grafo di de Bruijn è un tipo di digrafo utilizzato nella teoria dei sistemi e in bioinformatica.

Scoperto in maniera indipendente da de Bruijn e Good, un grafo d B ( m , n ) {\displaystyle dB(m,n)} è composto a partire da un alfabeto di cardinalità m {\displaystyle m} e un numero intero n {\displaystyle n} . Il grafo possiede m n {\displaystyle m^{n}} vertici che contengono tutte le sequenze di lunghezza n {\displaystyle n} (denominate sequenze di de Bruijn).

Sia S = { s 1 , , s m } {\displaystyle S=\left\{s_{1},\ldots ,s_{m}\right\}} l'alfabeto di simboli e sia S n = V = { ( s 1 , , s 1 ) , ( s 1 , , s 2 ) , , ( s m , , s m ) } {\displaystyle S^{n}=V=\left\{(s_{1},\ldots ,s_{1}),(s_{1},\ldots ,s_{2}),\ldots ,(s_{m},\ldots ,s_{m})\right\}} il dizionario delle sequenze di de Bruijn di lunghezza n {\displaystyle n} .

L'insieme degli archi del grafo di de Bruijn è definito da E = { ( ( v 1 , v 2 , , v m ) , ( v 2 , , v m , s i ) ) : i = 1 , , m } {\displaystyle E=\left\{\left((v_{1},v_{2},\ldots ,v_{m}),(v_{2},\ldots ,v_{m},s_{i})\right):i=1,\ldots ,m\right\}} .

Bibliografia

  • Anthony Ralston, De Bruijn Sequences-A Model Example of the Interaction of Discrete Mathematics and Computer Science, in Mathematics Magazine, vol. 55, n. 3, maggio 1982, pp. 131-143, DOI:10.2307/2690079.
  • Michel Raynal, De Bruijn Graphs, in Distributed Algorithms for Message-Passing Systems, Springer, 2013, pp. 73-75, DOI:10.1007/978-3-642-38123-2, ISBN 978-3-642-38122-5.

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