HMMER
Tipus | programari lliure | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Versió estable | 3.4 (15 agost 2023) | ||||||
Llicència | GNU General Public License | ||||||
Característiques tècniques | |||||||
Sistema operatiu | Unix-like | ||||||
Escrit en | C | ||||||
Format de fitxer d'escriptura | Stockholm format (en) | ||||||
Equip | |||||||
Desenvolupador(s) | Sean Eddy | ||||||
Fonts de codi
| |||||||
Més informació | |||||||
Lloc web | hmmer.org | ||||||
| |||||||
HMMER és un paquet de programari lliure utilitzat per a l'anàlisi de seqüències creat per Sean Eddy.[1] El seu ús general és la identificació de seqüències homòlogues de proteïnes o nucleòtids. La cerca es basa en la comparació de perfils HMM contra una seqüència o base de dades de seqüències. Els perfils HMM es construeixen a partir d'un alineament múltiple de seqüències mitjançant el programa hmmbuild dins el paquet HMMER. La implementació del perfil HMM utilitzada a HMMER es basa en el treball de Krogh i coautors.[2] HMMER és compatible amb els principals sistemes operatius, incloent diferents versions de Linux, Windows i Mac OS. HMMER és l'eina principal en què es basen bases de dades com Pfam i InterPro.
Referències
- ↑ Durbin, Richard; Sean R. Eddy, Anders Krogh, Graeme Mitchison. Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3.
- ↑ Krogh A, Brown M, Mian IS, Sjölander K, Haussler D «Hidden Markov models in computational biology. Applications to protein modeling». J. Mol. Biol., 235, 5, febrer 1994, pàg. 1501–31. DOI: 10.1006/jmbi.1994.1104. PMID: 8107089.
Enllaços externs
- HMMER - Lloc web oficial
- Presentació HMMER3 Arxivat 2014-09-11 a Wayback Machine.
- Marca registrada, copyright, patents i llicència de HMMER Arxivat 2015-02-27 a Wayback Machine.